RDKit 2023.09.1 がリリースされました

2023年10月13日に RDKit 2023.09.1 がリリースされました。この記事では新バージョンの重要な変更点を紹介します。より詳細な情報を知りたい方はリリースノートの原文 (2023_09_1 (Q3 2023) Release) と公式ブログの記事 (1, 2, 3, 4, 5) をご確認ください。

リリースノートより

ハイライト

新しいRascalMCESのコードに、分子のペアに対して非常に高速な最大共通部分構造の実装が追加されました。（訳注: 公式ブログにコード例があります）
RDKitのコアで「一般化部分構造検索」がサポートされ、部分構造検索を行う際にリンクノード、可変アタッチメントポイント、互変異性クエリを考慮することが容易になりました。これはPostgreSQLカートリッジでもサポートされるようになりました。（訳注: 公式ブログにコード例があります）
RDKitでMRVファイルの読み書きがサポートされるようになりました。

後方互換性のない変更

CDXMLパーサは、他のRDKitファイルパーサと同じ座標軸で、妥当な座標を持つmolを返すようになりました。
JSMolとJSReactionオブジェクトを返す全てのメソッドは、有効なオブジェクトの生成に失敗したときにnullptr（JSではnull）を返すようになりました。以前はis_valid()メソッドがfalseを返すオブジェクトを返していました。この新しい実装は、無効なオブジェクトに対してdelete()を呼び出さなければならないオーバーヘッドを回避するもので、rdkit-js GitHubリポジトリの公開ディスカッションで承認されました。
JS MinimalLibでは、MolIteratorがMolListに変更されました。MolIteratorにはat()、append()、insert()、pop()メソッドが含まれるようになったため、MolIteratorは不適切に感じられたからです。これまでこのクラスにコンストラクタはなかったため、この変更による既存のJSコードへの影響は最小限に抑えられるはずです。JSコードの更新が必要なのは、JSMol::get_frags()の返り値をパースするときだけです。戻り値はmolIteratorとmappingsという2つのキーを持つオブジェクトで構成されます。molIteratorキーはmolListに変更されました。
ユーザー設定可能なMCSParameters::FinalMatchChecker関数は、ビルトインのFinalMatchChecker関数の代わりではなく、ビルトインのFinalMatchChecker関数の後に呼び出されるようになりました。これは設計上の欠陥であり、修正する価値があります。
MCSParameters::Timeoutを0に設定すると、タイムアウトが0秒になるのではなく、タイムアウトがないことを意味するようになりました。0秒のタイムアウトは、MCSが即座にキャンセルされてしまうため、無意味です。
MCSParameters::MatchRingFusionStrictがtrueの場合にFindMCSによって生成されるSMARTS文字列が、より具体的な部分構造のマッチを確実にするために、適切な場合にはリングメンバーシップクエリを含むようになりました。
MCS Verbose統計において、single bondは化学では異なる意味を持つため、混乱を避けるためにSingleBondExcludedがIndividualBondExcludedに変更されました。
GetProp()の呼び出しで失敗した型変換からのエラーメッセージが、コンパイラによって若干異なるようになりました。”boost::bad_any cast”を常に含める代わりに、[B,b]ad any[\ ,_]castという正規表現でマッチさせる必要があります。
DetermineBondsの接続性を決定する関数は、デフォルトでより効率的な方法を使用するようになりました。以前の挙動に戻すには、useVdw引数をTrueに設定してください。
2D構造から原子の立体化学を認識するアルゴリズムが書き直されました。新しいアルゴリズムはより正確であり、その結果、このリリースと以前のリリースとでは、知覚される立体化学に若干の違いがあります。
CXSMILESが生成されていない場合、ステレオグループに関する情報はSMILESのカノニカル化処理では使用されなくなりました。

新機能及び改善・バグ修正・クリーンアップ

（訳注: 省略します。ご興味のある方は原文をご確認ください。）

このリリースで削除されたコード

rdFMCSモジュールのMCSProgress、MCSBondCompare、MCSAtomCompare Pythonクラスから、compareメソッドとcallbackメソッド（リリース2021.01から非推奨）が削除されました。compareメソッドとcallbackメソッドの両方が __call__で置き換えられました。
SetAtomTyperメソッドとSetBondTyperメソッド（リリース2021.01から非推奨）がrdFMCSモジュールのMCSParameters Pythonクラスから削除されました。メソッドはそれぞれ、read-writeプロパティAtomTyperとBondTyperで置き換えられました。

非推奨となったコード（将来のリリースで削除予定）

JSMol::is_valid()とJSReaction::is_valid()は非推奨となり、無効なJSMolとJSReactionはもう存在できないため、常にtrueを返します。
MolStandardizeのpython実装は次のリリースで削除されます。代わりにrdkit.Chem.MolStandardize.rdMolStandardizeの実装を使用してください。

公式ブログで紹介されている新機能

以上です。ドキュメントの誤りや改善点を見つけた場合はユーザー会のSlackかGitHubまでご連絡ください。